Es un truco muy sencillo, aunque más que un truco es saber conocer las novedades de WooCommerce.
Para poder cambiar el orden en que aparecen las Categorías de Productos en la página de una tienda hecha con WordPress y WooCommerce, es tan sencillo como ir a la página de Productos seleccionar Categorías y arrastrar y soltar las categorías para ponerlas en el orden que quieras.
Ir al menú de Categorías de Productos
Haz clic en el «arrastrador» y sin soltar muévelo hacia arriba o hacia abajo hasta el sitio donde quieras tener ahora la Categoría